Es un equipo de investigación que focaliza su actuar en el estudio y la comprensión de la estructura y el funcionamiento de los ecosistemas acuáticos y sus interacciones con la biosfera. Para ello, a través de un enfoque interdisciplinar, busca establecer como la dinámica y variabilidad de los ecosistemas acuáticos son moduladas por  factores naturales y/o antrópicos bajo diferentes escalas espacio-temporales. Los miembros del núcleo integran redes de colaboración nacionales e internacionales y se vinculan con la comunidad a través de proyectos de investigación con financiamiento externo, los cuales fortalecen la generación y transferencia del conocimiento.