Línea 1. Desarrollo Tecnológico e Industrial: Línea de trabajo I+D+I, cuyo propósito será elevar la capacidad tecnológica e innovadora de los sectores productivos del secano, generando nuevos conocimientos para el desarrollo innovativo empresarial a través de acciones orientadas a analizar y mejorar los sistemas de producción agrícola, pecuario y forestal; desarrollo de sistemas de producción integrada; manejo sostenible y optimización del rendimiento de los sistemas de producción silvoagroforestales; diversificación de la producción; desarrollo de técnicas de cultivos agrícolas y forestales destinados a la producción eficiente de biomasa para su aprovechamiento energético; manejo y uso eficiente del agua y tecnologías de reciclado de aguas de lluvia.

Línea 2. Transferencia Tecnológica y Asistencia Técnica: Línea de trabajo cuyo propósito será transferir los conocimientos generados y las tecnologías identificadas, a la población objetivo, con el propósito de que éstas sean adoptadas. Además, se especializa en otorgar asistencia técnica en servicios demandados por la población del secano. La transferencia se dará de acuerdo a la población identificada, abarcando desde actividades como charlas, cursos, talleres, días de campo, seminarios, simposios, conferencias, hasta prestación de servicios tecnológicos, consultorías especializadas, asesorías personalizadas, y giras nacionales para intercambio de experiencias.

Línea 3. Educación continua: Línea de trabajo cuyo propósito será proponer y ejecutar, con base a las demandas educativas prioritarias de los diferentes sectores de la sociedad, programas de formación académica en las modalidades de posgrado, especialización, actualización y capacitación que se impartan en el Centro Secano. Esta línea impulsará y conducirá programas educativos, de capacitación y entrenamiento mediante el desarrollo de programas de magíster profesional y diplomado en las áreas de las ciencias silvoagropecuarias.