Las Líneas de Investigación específicas que ofrece el CENBio son:

• Biotecnología Vegetal: Saneamiento y micropropagación de plantas; macropropagación mediante técnicas de avanzada; cultivo de anteras y polen para producción de haploides.
• Fisiología Molecular: Modulación de respuestas fisiológicas ante el estrés; propagación de plantas en Biorreactores de Inmersión Temporal.
• Genética Molecular: Estudios de diversidad genética mediante marcadores moleculares; diagnóstico de enfermedades y plagas mediante técnicas avanzadas.
• Bio-ingeniería: Producción de biocombustibles y biopolímeros.
• Bioproductos Naturales: Técnicas avanzadas de química analítica; aislamiento y caracterización de metabolitos de interés.